不同的系统里有重名文件，怎么办？

想做Win7/xp/pe3/pe1/dos工具合盘存入16GU盘中，可是有重名文件例如autorun.inf和BOOTFONT.BIN等等。autorun.inf好解决，可以不要，可BOOTFONT.BIN比较重要。
我想把1种系统放到1个文件夹里而不是放在一起，引导是用ultraiso提取的bif文件，请问怎么修改引导文件？